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Au même titre, ou presque, que le PDF. Du coup, mettre des CONTENEURS (EPS, TIFF) d'images dans un autre CONTENEUR (PDF), c'est double emploi.
L'EPS est surtout un format antédiluvien qu'il vaut mieux éviter d'utiliser aujourd'hui…
Quant au "conteneurs" double emploi je ne saisi pas vraiment

,…
On peut d'ailleurs tout aussi bien importer du PDF (et même du innd) dans Indesign…
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Le jpeg, lui, est un format de compression de valeurs bitmap (comme le LZW).
On se plaint du jpeg parce qu'il est destructif.
Mais si tu règles la compression à 12 (équivalent de sans compression), pas de souci.
1. Inexact puisque le LZW est non destructif.
2. Inexact également. La compression 12 n'est pas égale à sans compression. L'algorithme jpeg "squizze" certaines données, imperceptibles pour certains, moins pour d'autres. Un peu comme le mp3… Cela va souvent dépendre du morceau

( D'ailleurs le Jpeg ne fait pas que compresser, mais il décompresse également…
Seule la norme Jpeg-LS, plus connu chez nous sous un de ses nom Jpeg 2000, permet une compression sans perte (donc réversible), mais ce format n'est pas encore accepté partout…
http://fr.wikipedia.org/wiki/JPEG-LS
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comme je ne les retravaillais pas dans photoshop, je les ai directement enregistrées dans ID en jpeg. Est-ce que je dois tout recommencer et les mettre en EPS ou TIFF en passant par photoshop?
Importées tu veux dire?
Du moment qu'elles sont "native" (que tu ne les as pas retravaillé) pas la peine…
En revanche décoche dans ce cas l'option de compression (sans) lors de l'export pdf. Sinon cela fera un jpeg "rejpegisé"